随着有机农业的提倡与普及，日本出现了许多从事有机栽培的果园。在日本，有机栽培也叫有机农法(自然农法)，有机栽培的目的是充分发挥土壤活力、提高土地自身的机能，以改善土壤的物理性状，有利于根系的旺盛生长，防止病虫害的侵入。操作技术要在不破坏土壤结构的前提下做到疏松土壤，增加土壤有机质的含量，保证果树健康发育，提高产量与品质。
    果园百分之百生草
    日本苹果园普遍种植白三叶、草木樨、禾本科绿草等，也有自然生草的。当草长到30厘米时，留2～5厘米刈割。割草时先保留周边1米不割，给害虫天敌保留一定的生活空间，等内部草长出后，再将周边草割掉。割下的草直接盖在树盘周围的地面上。这样既减少了水土流失，又降低了物质的投入。
    土壤主施生物菌肥
    现代农业多提倡施用有机肥，尤其是发酵肥料和充分腐熟的农家肥。日本长野县中泽卓三的苹果园，苹果树龄已经40多年，每年每亩施有机肥2000公斤，而且每次施有机肥都要在前一年进行腐熟处理，次年才施入土壤。
    向土壤增加有机肥和土壤微生物，可以疏松土壤，改善土壤团粒结构，增加土壤通透性，提高土壤肥力，达到持续稳产的目的。
    防病虫害减少农药施用量
    多采用农业防治、物理防治和生物防治，很少采用化学防治，减少农药施用量是生产有机果品的关键。日本有许多热衷于有机栽培的果农在从事无农药或少农药的果树栽培研究，并取得了很好的效果。
    1.选择抗病品种，施用生物有机肥，合理负载，科学修剪，增强树体的抗逆性。连年重施有机肥、少施化肥已经成为日本多数果农的共识。
    2.刮树皮。将枯枝落叶深埋或烧毁，苹果萌芽前用高压水枪进行清洗消毒，减少初侵染源。在日本的果园，防治腐烂病还是用“刮刮皮，抹抹泥，包包塑料纸”这样的简单方法。
    3.由于日本平均年降雨量高达1400毫米，夏秋季大雨、冬季大雪不断，一些高效苹果园和有机栽培的苹果园常搭设防雨棚隔离雨水，以降低湿度，抑制病害繁殖。
    4.利用性引诱剂扰乱昆虫的交配信息，减少其交配和繁殖的机会，从而大大降低害虫的繁衍。
    5.充分利用天敌，消灭害虫。进行有机栽培的苹果园，农药使用量很少，再加上重施有机肥和地面生草，给许多害虫天敌提供了良好的栖息环境，从而有效控制了害虫的发生。
    6.利用架设防虫网、使用粘着剂以及树干涂白等物理方法防止病虫危害，一些苹果园还采用了先进的物理光学和电磁驱鸟、驱鼠、驱兽设备。这些物理防治方法，大大抑制了病虫害的滋生和危害。
    7.只有在必要的情况下才配合喷施少量农药，也就是在突发病虫害时才适当喷施日本有机产品所允许使用的农药。(有机)