为了延长蔬菜生长期，提前采收，山东、河北、江苏等很多地区还存在套种蔬菜的习惯。如寿光市稻田镇、羊口镇等地秋延迟茬西红柿留果较多，在秋茬西红柿仍然留有1-2穗果时，将下茬蔬菜提前套种。病虫害防治是套种蔬菜管理的重点，不同蔬菜上病虫害发生有差异，如瓜类作物上白粉病严重，茄果类蔬菜上却不发生；但也有很多病虫害是同样发生的，如灰霉病、病毒病、根腐病、根结线虫等。对于同样发生在两种蔬菜上的病虫害，要特别注意加强防治，喷药时全面细致，不留死角。以番茄套种尖椒为例，由于采取套种模式，番茄拔园后土壤不能深翻和消毒，大量土传病菌和虫卵留存在土壤中，而番茄的多数根系仍然留在土壤里，难以彻底清除，这就为尖椒的根部病害发生埋下了隐患。为了减少尖椒根部病害的发生，菜农在定植尖椒时一定要做好药剂蘸根，预防根部病害的发生。同时，穴施生物菌肥，促进根系健壮，补充营养，缓解番茄与尖椒争夺营养的问题。
　　大棚蔬菜套种问题较多，尤其是同种蔬菜套种，是不建议菜农选择的。以种植番茄为例，菜农可以在最后一茬蔬菜成熟期尽量提高棚温，打掉过多的叶片，加强见光，促进果实成熟，尽早收获上市。如果还有少量果实没有完全成熟，可以带棵拔掉，统一存放于棚内一角，覆盖薄膜保温催熟。果实收获后，立即将棚内植株拔除，将杂草、落叶以及蔬菜根系等全部收集带出，尽可能减少棚内残体。然后，快速施肥、翻地，起垄，定植，浇水，覆膜，尽可能在1-2天内完成。若茬口安排不好调整，菜农选择了套种，要特别注意仔细观察棚内蔬菜生长状态，做好病虫害防治，切断病毒病等传播渠道，才可进行套种，以免“捡了芝麻丢了西瓜”。