大部分畜禽粪便不经过堆肥处理直接施于农作物，抗生素抗性基因就会通过土壤环境进入农产品，甚至通过食物链进入人体，威胁人类的健康。
    堆肥为处理各种废弃物使之无害化和资源化的一种有效途径，利用堆肥去除畜禽粪便中的有害污染物也能起到一定作用。通过在堆肥过程中添加抑制剂或者嗜热菌剂等改善堆肥条件，便可以在一定程度上防止抗生素抗性基因进入土壤环境，降低抗生素抗性基因这种新型环境污染物的含量。
    在实际堆肥生产中，一般会选择添加调理剂来调节堆肥效果，通过加入嗜热菌剂等微生物菌剂可显著提高堆体温度，延长高温持续的时间。堆肥可以明显降低粪便中抗生素浓度。
    （川农）