菌肥保质有期限
　 大部分菌肥必须保存在低温（最适温度4℃～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有些菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2℃～8℃的恒温箱内，这类菌肥的有效期通常只有一年。一些芽孢杆菌肥的保质期与生产工艺水平高低有关，主要是看芽孢化水平，芽孢化水平较高的能保存一年半甚至更久，芽孢化水平低的则不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品及其保存环境。
　　避免导致菌种死亡
　　微生物菌肥施用过程中应避免阳光直射，蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，采用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，对防治真菌、细菌都有效，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议用菌肥后不要再用农药灌根。
　　创造菌种适繁环境
　　一般菌肥在酸性土壤中直接施用效果较差，如硅酸盐细菌需要在pH值7～8土壤中生存，所以要配合施用石灰、草木灰等，以加强微生物的活动。
　　微生物生长需要足够的水分，但水分过多又会造成通气不良，影响好气性微生物的活动，因此，必须注意及时排灌，以保持土壤中适量的水分。
　　微生物菌肥中的微生物大多是好气性的，因此，施用菌肥必须配合改良土壤和合理耕作，以保持土壤疏松、通气良好。（宏秾）