沼气池的肥料分上、中、下三层，应科学施用，以促进增产增效。
一、上层含有大量溶性养分，是含氮量浓度很高的液体肥料，易被作物吸收和利用。
二、中层是糊状肥，养分含量高，有较丰富的速效氮素、磷素、有机质和腐殖质，肥力较强。适合果树中期追肥，能持续快速供给果树生长发育所需要的多种养分，具有促枝叶、壮茎杆的作用。
三、下层沼渣肥，含有氮素、有机质、腐殖酸类物质和矿化的速效磷素、钾素及微量元素。可供果树等作基肥。不论旱田或水田，将沼渣肥均匀撒在地表，随犁耕翻入耕作层，经耙耧，使沼肥与土壤充分混合，每亩用量0.2～0.5公斤。但应注意沼渣肥使用前，从沼气池中起出应堆沤15天。（农技）