生物菌肥在蔬菜栽培中变得越来越重要，但生物菌肥的使用方法要得当，才能让生物菌肥发挥出应有作用。
　　1.数量足够。生物菌肥施入土壤后，微生物菌都有一个适应、生长、繁殖的过程，有效菌在土壤中繁殖达到一定数量后才起作用，要坚持长期足量施用。
　　2.避免在高温干旱条件下使用。微生物菌生存的最佳温度是22℃～35℃，低于5℃及高于40℃，其活性大大降低。
　　3.避开强烈的阳光照射。紫外线对生物菌产品中的细菌等有很强的杀灭作用，无论是存储还是使用，生物菌肥都不能暴露在强光之下。
　　4.及时补充水分。生物菌的繁殖尤其是细菌的繁殖离不开水分，所以土壤要保持一定的湿度才能有利于生物菌的繁殖扩增，但土壤不能太湿。
　　5.有机肥足够。有机肥为微生物菌的存活提供大量的有机质和养分，这些养分在有益菌的分解下也更利于蔬菜吸收。
　　6.适宜的土壤pH值。pH值偏酸或偏碱等，不利于生物菌的生存和繁殖。因此，要通过多施有机肥、多施配方肥、深翻土壤、及时中耕等措施调节土壤的理化性状，并通过施用土壤调理剂把土壤的pH值调整在6.5～7.5之间。
　　7.不能过分依赖生物菌肥。生物菌肥中微生物菌剂、生物有机肥都不含有无机养分。若购买的复合微生物肥料中氮磷钾的含量较低，则需要再补充部分复合肥料。
　　8.控制杀菌剂的使用时间及用量。施用生物菌剂后，再施用杀菌剂时要考虑到对微生物菌的影响，尽量使二者的间隔期长一些，并适当降低杀菌剂的用量。
　　9.穴施时要注意混土。生物菌肥要与土壤混匀，不能直接将秧苗定植在肥料上再埋土。否则，生物菌大量繁殖过程中产生的热量会将根系烧伤，导致根系变褐死亡。若是在使用过未腐熟粪肥的土壤中穴施菌肥，更要调拌均匀，因为粪肥遇微生物快速腐熟过程中放热会影响到根系生长。
　　10.注意保质期。受目前肥料生产技术水平的限制，大多数微生物肥料的保存有效期是1年，若超过保质期，菌种的休眠状态可能会被破坏，活菌数量可能大大降低，即使休眠不被破坏，存放时间久了，有效菌的活性也会大大降低。 （王迪轩 何永梅）