棚室栽培蔬菜，由于人为地创造了增温、保温条件，避过灾害性气候，加速生长进程，能使蔬菜早熟、高产。但由于蔬菜生产周期加快，需肥量比露天蔬菜大，肥料投放量要高出50%。正是由于施肥量的增加，如控制不当，则会带来一些负面影响，特别是冬季和早春，特别要注意合理施肥。
 　 调控基肥和追肥比例
　　为了防止一次性投肥过多，应掌握施足基肥，少施追肥的原则。一般基肥比例应占总投肥量的60%，其中磷肥由于分解缓慢，可提高到70%。优质农家堆肥、厩肥一定要充分腐熟，每亩使用量为5000公斤左右，复合肥每亩一般75公斤，不宜超过100公斤。其余追肥根据蔬菜的长势和需肥规律灵活掌握。
　  适当增施有机肥
　　有机肥营养全面均衡，既可改良土壤，提高保肥保水能力，又能调节土壤的酸碱度以及避免土壤因集中供肥发生肥害。除施用农家堆造的肥料外，还应大力提倡施用生物有机肥或菌肥。
　  实施配方施肥
　　根据不同蔬菜的需肥特点和土壤供肥状况，确定氮、磷、钾及微量元素的适宜用量与相应的施肥技术。据有关部门研究结果表明，大棚蔬菜对氮、磷、钾的最大需求期分别为：黄瓜在种植后75～140天，番茄在30～52天，甜椒在30～60天。最佳化肥（氮、磷、钾）施用比例为黄瓜1∶0.67∶1.83，番茄为1∶0.38∶1.75，甜椒为1∶0.38∶1。蔬菜对微量元素虽说需要极少，但必不可少。使用微肥叶面喷洒，应把好用量标准。注意叶菜不要叶面喷肥，以免增加硝酸盐含量。
　  禁止浅层追肥
　　棚室蔬菜由于密闭程度高，浅层施肥或撒施肥料极易使肥料挥发，既降低肥效又易产生氨气危害。因此追肥时一定要穴施或条施，深度为5～6厘米，另外还要和蔬菜根系保持8～10厘米的距离。
　  适温追施氮肥
　　氮肥特别是尿素和碳铵只有在转化为硝态氮时才易被蔬菜所吸收，而转化的快慢取决于棚内温度的高低。当棚内温度低于15℃时，硝化细菌的活动将受到抑制。因此，追施氮肥应选择在晴天中午前后进行，过早或过迟都会由于温度低而降低追肥效果。对于缺氮的蔬菜或叶菜类蔬菜，喷施0.5%～1%浓度的尿素溶液效果会更佳。（中肥）