根结线虫和蔬菜根部病害严重，是很多棚室蔬菜生产的突出问题，对此，笔者建议菜农在使用秸秆的时候可配合石灰氮使用，净化棚室土壤。
　　有机物开始腐熟时，会产生有机酸而呈酸性，而促进有机物腐熟的多数微生物适宜微酸性至中性，如果添加碳铵等氮肥，会因物料较酸而使微生物增殖变弱，影响有机物的分解。使用石灰氮时，由于含50~60％的石灰，可中和酸性，有利于微生物的繁殖，而且石灰还有分解秸秆中坚固纤维的作用。因此，添加石灰氮可促进秸秆分解。用秸秆做堆肥时，添加石灰氮与添加其他氮肥并加入石灰处理相比，具有升温快、发酵快，堆积时间缩短和氮素损失少等优点。其具体操作如下：
　　清洁田园将棚中杂草、残株及废弃物从棚中清理出去。近年来，蔬菜秸秆粉碎机完全成熟，可以将蔬菜秸秆直接粉碎后翻入土壤，省去了清理秸秆等工作，省工省事省肥料，还解决了蔬菜秸秆的污染问题。
　　深翻地碎稻草、蔬菜秸秆、麦秸等（亩用量1000~2000斤）铺于地面，然后将石灰氮（亩用量50~80公斤）均匀撒在秸秆上，完毕之后，进行深翻地20厘米，将稻草及石灰氮全部翻入土下。
　　覆盖地膜起垄并覆盖地膜。地膜的作用一是防止石灰氮与水反应后的有效气体外泄，二是避免大量水汽蒸发，降低高温效果。
　　膜下灌水作用有二：一是石灰氮与水发生化学反应生成有效气体而起作用。二是将土壤中的线虫及土传病原菌激活，从而达到更好的防治效果。
　　覆盖新棚膜覆盖薄膜10~15天，其中至少有5天左右的曝晒时间，使棚内温度高达80℃。
　　撤掉地膜地膜撤除20天后进行移栽种植。
　　同时，石灰氮还是一种良好地处理土壤的方法，具有杀灭根结线虫、土传病菌和杂草等多重作用，因而秸秆配合石灰氮使用，特别是对于种植3年以上的老棚，效果更为突出。