现在影响小麦生产的主要有三大问题：赤霉病、节水和品质问题，“十三五”期间这三大问题体系工作的重点，力求有所突破。
　　小麦赤霉病是一种世界性病害，在我国长江中下游冬麦区、东北春麦区以及华南麦区发病尤为严重，从小麦幼苗到抽穗都可受害，一般流行年份可引起减产10%~20%，严重时达80%~90%，重病田可导致绝收。随着现代分子生物学的发展，基因编辑技术等可能有助于小麦赤霉病抗性的遗传改良。“十三五”农业科研领域一项十分重要的任务是通过遗传改良提高小麦品种对赤霉病的抗耐性，减轻赤霉病的危害；要通过遗传改良途径从根本上解决赤霉病对我国小麦的危害。
　　北方小麦主产区水资源紧缺问题日益突出。想突破小麦的节水问题、发展瓶颈问题，只依靠单个品种和单向技术是很难实现的，“十三五”要加大技术集成和协同攻关，才能实现小麦生产节水的综合解决技术方案。
　　进一步系统改良小麦品种，选育出一大批在产量、品质、抗病、抗逆等特性方面表现较突出的小麦新品系，并加大推广示范。