影响果园土壤有机质含量变化原因较多，主要包括肥料投入数量与结构、种植方式、土壤类型、农产品市场行情和农业技术等方面。
　　施肥结构不合理 大量施用化肥、有机肥投入不足是造成土壤有机质偏低的主要原因。我国耕地土壤有机质年矿化率约1％～4％，每年只有增加的有机质量与矿化的量相等时，才能保持平衡。但是，随着农民经济条件的改善，农村劳动力大量外出，加上施用有机肥较为费工，导致化肥倍受青睐，有机肥受到忽视。
　　果园有机养分投入不足，氮磷肥的过量施用，钾肥投入相对不足，含铜杀菌剂的过量、频繁使用等是造成果园土壤质量变化的主要原因。这种化肥的大量连年使用，使果园土壤全氮增加，而土壤Ｃ/Ｎ比下降，造成土壤板结、酸碱失衡、肥力下降。随着种植年限的增加，果园土壤性质明显退化。
　　有机肥源严重不足 近年来，由于农村产业结构的调整，牲畜的饲养逐渐由家庭转变为专业大户或企业，因此，可提供给果园的农家肥非常有限，而现有的肥源主要靠厕、圈提供，数量有限。虽然商业化生物有机肥厂迅速增加，但远远不能满足需求，同时还存在价格、质量等问题。以陕西省为例，2011年共有精制有机肥料企业40多家，且多数是小型企业，年实际生产总量仅10万吨。但如果陕西1/3苹果园施精制有机肥，每亩按施150公斤计算，每年大约就需要30万吨。因此，商品有机肥远远不能满足果园实际需要。同时，市售商品有机肥价格偏高，多数果农不愿施用，限制了商品有机肥的大面积应用。
　　果园生草栽培模式未能有效推广应用　果园生草栽培模式虽然是改善果园生态条件、培肥地力、增加土壤有机质、生产优质果品，使果园健康、良性发展的有效方法，但是这一技术在我国却没有大面积推广应用，究其原因：一方面，是果农对果园生草的迫切性与重要性认识不到位，传统观念是果园清耕除草，片面地将果园生草与果树争肥争水相联系，不愿意生草，而没有充分认识到大量施化肥而导致土壤退化和果实品质下降的严重问题。另一方面，生草果园科学管理技术及其研究缺乏，对生草果园的管理不到位，种植牧草的管理和利用跟不上，导致果园牧草闲置，而没有发挥其提高果园肥力的关键作用，更加剧了果农果园草与果树争肥水的错误思想，所以，在果园牧草的管理及利用方面，如割草时间确定、割草机械化、割草前后的病虫害防治及天敌保护、刈割牧草的科学利用、所生牧草更新复壮等方面应进一步加强研究和完善技术。
　　生物降解加剧了土壤贫瘠 充足的光照、合适的温度、适量的降水，这些有利于果树生长发育的气候条件同样也利于土壤中好气微生物的活动。这些微生物的活动加剧了土壤中有机质的降解进程，使其转化为二氧化碳从土壤中逸出，从而导致有机质更低，如不及时进行补充，则会加剧土壤的贫瘠化。