有机肥改良土壤的作用主要有以下五点：
    提供全面养分：有机肥是一种完全肥料。含有作物所需要的营养成分和各种有益元素，而且养分比例全面，有利于作物吸收。
    促进土壤微生物繁育：有机肥含有大量的有机质，是各种微生物生长繁育的地方。深耕配合施用有机肥，土壤固氮菌比未施用有机肥增加近一倍，纤维分解菌增加近2倍，其它微生物群落也有明显增加，所以施有机肥能大大促进新开垦土地的熟化进程。
    提高土壤保肥保水能力：所有的有机肥都有较强的阳离子代换能力，可以吸收更多的钾、铵、镁、锌等营养元素，防止淋失，提高土壤保肥能力，尤其是腐熟的有机肥保肥能力更明显。
    减少养分固定，提高养分有效性：有机肥含有许多有机酸、腐殖酸、羟基等物质，它们都具有很强的螯合能力，能与许多金属元素如锰、铝、铁等螯合形成螯合物，可减少锰离子对作物的危害。
    加速土壤团聚体的形成，改善土壤理化性质：有机、无机团聚体是土壤肥沃的重要指标，它含量越多，土壤物理性质越好，土壤越肥沃，保土、保水、保肥能力越强，通气性能越好，越有利于作物根系生长。（曲靖）